AgroBox No.6（構造モデリング）
X線回折データは構造モデリングを行うことで、初めてその立体構造を人が見ることができるようになります。
分子置換法により決定した立体構造モデルと電子密度マップをご提供します。
※タンパク質のアミノ酸配列情報のご提供が必須になります。
※AgroBox No.3～6を合わせてご購入することをお勧めします。
構造を見える形へ
1. 分子置換法のためのサーチモデルの準備
アミノ酸配列情報をご提供頂くことで、分子置換法による構造決定、タンパク質部分の構造精密化を行います。まず、ご提供いただいたアミノ酸配列をもとに、Protein Data Bank (PDB)に登録されている類似のタンパク質構造データ（サーチモデル）を探し、そのデータを利用して初期位相決定を行います。
分子置換法に利用できる類似構造がPDBに登録されていない場合は、当社で計算機による予測構造を用意し、サーチモデルとして利用いたします。類似構造が無く分子置換ができない場合は、実験的な位相決定が必要となり、多大なコストがかかります（AgroBox pro αで実施が可能です）もし、お客様で構造決定されたタンパク質構造がある場合、必要に応じてご提供いただく事もございます。
2. 分子置換法による初期位相決定とモデリング
初期位相決定および電子密度にアミノ酸残基を当てはめるモデリングを実施します（図 14、図 15）。CCP4パッケージやPhenixに含まれるソフトウェアを使用し、分子置換法による初期位相決定と立体構造モデリング、構造精密化を行います。構造精密化は手動で調整するため、必要に応じて2つのグレード（創薬グレード、論文グレード）を用意しております。
創薬グレード（基本Box）
基本Boxの分子モデリングでは、薬剤デザインに十分な情報が得られる化合物結合部位周辺（約15Å以内）に絞った構造精密化を行います。結合することが判明している補酵素や金属イオン等については、それらを含めて構造精密化することも可能です。
論文グレード（追加Box A）
追加Box Aをご購入いただくことでタンパク質全体を含めた高クオリティーの構造精密化を実施いたします。具体的には、豊富な論文発表経験をもつ研究者が全てのアミノ酸残基をモデリングし、ラマチャンドランプロット、MolProbityスコア、R/Rfree値、Bond length/angleのrmsd値などの総合的なバリデーションを行います。これにより、論文投稿およびPDB登録が可能なクオリティーのデータをご提供します。PDB登録サポートも致します。
当社の構造生物学研究者による構造モデリング
タンパク質構造のCueMolによる表示
構造モデリングが完了すると分子ビューワーにて表示可能なファイル形式となる
AgroBox No.6 サービス内容
基本Box（創薬グレード）【1box単位必要】
基本Boxは「創薬グレード」の分子モデリングとして、薬剤デザインに十分な情報を得ることができる化合物の結合部位周辺（約15Å以内）のアミノ酸残基の構造精密化を行います。補酵素や低分子化合物が入った構造の場合、これらを含めた構造精密化を行うことも可能です。
追加Box A（論文グレード）【2box単位必要】
「論文グレード」では、豊富な論文発表経験をもつ研究者が全てのアミノ酸残基をモデリングし、ラマチャンドランプロット、MolProbityスコア、R/Rfree値、Bond length/angleのrmsd値などの総合的なバリデーションを行い、論文投稿およびPDB登録が可能なクオリティーのデータをご提供いたします。タンパク質全体について構造精密化を進めることで、電子密度マップの改善が期待できます。
注：タンパク質サイズの制限は特に設けておりませんが、超高分子量のタンパク質に関しては追加料金が発生する可能性があります。
追加サポート内容
・構造全体の精密化
・PDB登録サポート
※本追加Boxは、2box分の料金になります（基本Boxと併せて3Box分の料金が必要です）。
ご用意いただくもの：
・タンパク質のアミノ酸配列情報
納品物：
・構造モデリングのレポート
・立体構造モデル（PDB形式）
・構造精密化後の構造因子データ（mtz形式）